L'épipactis des marais possède une tige verte teinté de pourpre, couverte de poils au niveau des fleurs.
Elle atteint une hauteur comprise entre 25 et 60cm. Les feuilles sont ovales à lancéolées, réunies au bas de la tige, pliées et dirigées vers le haut. Les bractées sont étroites et courtes, les inférieures dépassent les fleurs.
Les fleurs sont grandes, assez nombreuses, généralement horizontales à légèrement pendues. Les sépales et les pétales sont de couleur générale pourpre carmin contrastant avec le labelle blanc. Le labelle est formé de deux parties distinctes, bien séparées par un étranglement.
L'hypochile en forme de coupe contient peu de nectar, il est blanc veiné de rouge violacé. L'épichile en forme de gouttière est blanc avec des crêtes jaunes près de l'étranglement. L'ovaire duveteux est attaché à la tige par un long pédicelle.
La floraison a lieu de juin à fin juillet.
Les pollinisateurs sont des coléoptères (Rhagonycha fulva), des oedemères (Oedemera nobilis), des Diptères (Sphaerophoria scripta, Chloromyia formosa), des hyménoptères -fourmis, abeilles, guêpes, bourdons- (Apis mellifera, Myrmica ruginodis